La Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales (FLACSO) es una organización regional y autónoma, dedicada a la enseñanza e investigación que cuenta con catorce unidades académicas en Latinoamérica y una unidad en España.

La unidad FLACSO El Salvador inició en 1992 como proyecto temporal, convirtiéndose en una unidad permanente en el año 1994. Su ámbito de actividad es en lo fundamental El Salvador, y en su actividad centroamericana procura la coordinación con las unidades académicas de FLACSO en Guatemala, Honduras, Costa Rica y Panamá.

Hasta 1995 concentró su actividad en proyección, difusión, capacitación y docencia no formal, pero en 1996 inició un proceso de fortalecimiento de la investigación. Actualmente, FLACSO El Salvador posee una agenda de investigación que privilegia proyectos vinculados a la formulación y/o ejecución de políticas públicas.

FLACSO El Salvador se ha trazado como misión, “producir y difundir conocimientos sobre la realidad social para promover el desarrollo de la sociedad salvadoreña y centroamericana, a través de la investigación y formación en ciencias sociales, y el apoyo a la formación de políticas públicas en el área social”; mientras que su visión es “ser una institución de referencia en ciencias sociales reconocida por la calidad de su trabajo en investigación y formación, y por su capacidad propositiva, en áreas relevantes de la política social de la región centroamericana, financieramente sostenible y organizativamente operativa”.

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